主人公是一位喜欢打架的少年——大门大。父亲虽然是“数码世界”研究的高级研究人员（现去向不明），但本人对电脑与机械知识却一窍不通。在机缘巧合下，大门大之后和从秘密政府组织DATS（Dynamic Address Translation——数码特搜队）中逃出来的数码兽“亚古兽”相遇了。正所谓“不打不相识”，双方的第一印象虽然非常糟糕，但经过几个回合的交手成为了亲密的朋友。DATS计划着从大手中夺回亚古兽，但是，被穷追不舍的大门大及亚古兽面前，出现了成熟期的数码暴龙——巨鸡兽。被那个巨大的身姿牵引而燃起战斗之心的大，打算挑战巨鸡兽。感受到大的数码之魂的亚古兽进化为Geo暴龙兽，打倒了巨鸡兽。观察了那个情况后的DATS的司令官·萨摩正式下令聘请大门大和亚古兽加入DATS。于是，喜欢少年带领着亚古兽直面着威胁人界的数码暴龙。大门大与亚古兽同其他DATS成员一起，解决了许多由数码世界和数码兽而引发的问题。可他们不知道，他们的邂逅，其实是为了解明一个背后的真相……
